SKE menjalin kolaborasi dengan Majelis Pendidikan Kristen Indonesia (MPKI) untuk melakukan transformasi sekolah Kristen yang menghasilkan lulusan siswa dengan kualitas dan kemampuan untuk menjadi seorang pemimpin adaptif dan berkarakter Kristiani yang mampu membawa dampak positif terhadap sekitarnya.
Melalui kerjasama ini, Elyon mampu meningkatkan kualitas pendidikan Kristen Elyon melalui percepatan proses digitalisasi pembelajaran, peningkatan kompetensi guru, kurikulum dan infrastruktur sekolah, serta menjalin jejaring dengan sekolah Kristen lainnya sebagai upaya untuk membangun budaya yang inovatif untuk kemajuan pendidikan Kristen di Indonesia.